Die Seezeichenverwaltung - unter der Leitung des Ministerialrats Walter Körte - und die beteiligte Industrie gingen auch hier neue Wege. Bislang lebte man in dieser ""guten alten Zeit"" mit Waltran, Rüböl oder Petroleum gespeisten Lampen oder Kerzen. Die Glühlampe war erst zehn Jahre zuvor erfunden worden. Die Helios Elektrizitäts- AG in Köln-Ehrenfeld wurde beauftragt, als Lichtquelle eine geeignete Kohlenbogenlampe zu entwickeln und zu liefern. An den Einsatz von Glühlampen für Leuchtfeuerzwecke war noch gar nicht zu denken. Helios untersuchte die Lichtbögen verschieden geneigter Kohlen. Da das Licht der elektrischen Bogenlampe so stark war, dass es mit der dort vorhandenen Photometerbank nicht gemessen werden konnte, beschrieben und skizzierten ihre Ingenieure die Kurven gleicher Helligkeit, die Lichtverteilung. Sie konstruierten daraufhin eine Lampe, deren Lichtkohlen in Horizontalebene angebracht und um je 30 Grad nach hinten abgewinkelt waren. Diese Lampe war im Laternenraum auf einem Wagen montiert und darauf in der Höhe und hinsichtlich des Abstandes zur Leuchte einstellbar. Seitlich konnte der Wagen - mittels zweier feststehender Achsen und vier Rollen - auf einem Schienengleis parallel zur Laternenwand verschoben und bei Bedarf eine zweite, gleichartige Lampe in den Brennpunkt gefahren werden. Die Lampe benötigte einen Strom von 50 bis 60 Ampere, der von Wechselstromgeneratoren des Maschinenhauses geliefert wurde. Bei einem längeren Ausfall einer der beiden Lampen konnte eine kleinere, für etwa 20 Ampere und 8,3 Stunden Brennzeit ausgelegte Reservelampe, die nach den gleichen Prinzipien konstruiert war, auf dem entsprechenden Wagen montiert werden.

Die See-Telegraphenanstalt Anfang 1892 vereinbarten das Reichs-Postamt, das Reichs-Marineamt, das Reichsamt des Innern und die Königlich Preußischen Minister der Öffentlichen Arbeiten und für Handel und Verkehr, auf der Insel Borkum eine ""See-Telegraphenanstalt"" einzurichten. Die allgemeine Leitung des Betriebes sollte der Reichs-Telegraphenverwaltung gemäß den Bestimmungen zum Internationalen Telegraphenvertrag unterstellt werden. Die Königlich Preußische Regierung stellte das Leuchtfeuerpersonal und die Kaiserliche Marine die Signaleinrichtungen. Der Schifffahrt auf der Ems wurde hierdurch die Möglichkeit eingeräumt, durch Flaggensignale mit dem Personal des Kleinen Leuchtturms Nachrichten auszutauschen und weiterleiten zu lassen. Die ""Seetelegraphenanstalt für inländischen Verkehr"" nahm zum 15. April 1894 ihren Betrieb auf. Zum 30. März 1900 wurde die Seetelegraphenanstalt auf ""allgemeinen Verkehr ohne Beschränkung"" umgewandelt (Friedens-Tag-Signalstation mit ständigem Ausguck). Geschichte machte der Kleine Leuchtturm, als in ihm am 15. Mai 1900 - in Verbindung mit dem damaligen Feuerschiff Borkumriff - der erste amtliche regelmäßige Funkdienst der Welt eröffnet wurde. Auf Veranlassung und zu Lasten des Norddeutschen Lloyd in Bremen richtete die Reichs-Post und Telegraphenverwaltung einen Schiffsmeldedienst ein. Die Knallfunkensender und Empfänger kamen von der Firma Marconi aus England. Die Leuchtturmwärter nahmen neben ihren sonstigen Aufgaben den Funkdienst wahr.

Ende 1906 wurden die Elektroenergieanlagen des Kleinen Leuchtturms ausgewechselt. Anstelle der Dampfmaschine ließ die Seezeichenverwaltung zwei Einzylinder-Viertakt-Dieselmotoren der Maschinenfabrik Augsburg und Nürnberg (MAN) aufbauen. Diese noch zu Lebzeiten Diesels hergestellten Motoren lieferten eine Leistung von 12 PS bei einem Hubraum von mehr als 10 Litern. Sie wurden mit Pressluft angelassen. Schwungräder von 2,4 Meter Durchmesser sorgten für einen gleichmäßigen Lauf mit 215 Umdrehungen pro Minute und trieben mittels eines Riemens je einen Gleichstromgenerator an. Der Gleichstrombetrieb ermöglichte die Verwendung von Akkumulatoren zur Speisung der Lampen. Die Akkus konnten am Tag aufgeladen und der Maschinenbetrieb somit auf den Tagesdienst beschränkt werden. Die Siemens-Schuckert-Werke in Bremen entwickelten nach den Vorstellungen der Verwaltung eine ruhig brennende Gleichstrom-Bogenlampe, die sogenannte Preußische Bogenlampe, mit waagerechter, positiver Kohl und schräg von unten her gerichteter negativer Kohle. Ihre Klemmenspannung betrug 65 Volt bis 70 Volt bei einem Strom von rund 25 Ampere. Sie stand gemeinsam mit einer Ersatzlampe im Laternenraum auf einem Drehtisch. Beim Kohlenwechsel bedurfte es nur einer Drehung des Tisches, um eine neue Lampe an die Stelle der ausgebrannten zu setzen. 1924 ersetzte die Seezeichenverwaltung die Gleichstrom-Kohlebogenlampen durch eine Glühlampe von 2000 Watt/75 Volt. Diese hatte eine geringere Lichtstärke, erreichte jedoch immer noch eine Tragweite von 24 Seemeilen bei gesteigerter Zuverlässigkeit.

1925 nahm die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung am Kleinen Leuchtturm eine Wasserstandssignaleinrichtung in Betrieb. Diese zeigte die Abweichungen des am Pegel der Emder Seeschleuse eingetretenen tatsächlichen Hochwasserstands vom vorausberechneten Hochwasserstand an. Sturmfluten und Ebbe- und Flutströme verändern die Sandbänke und schiffbaren Rinnen ständig, wobei sich die Platen in der Regel von Ost nach West verlagern und Sand in die Fahrrinnen eintreibt. Die Leuchtfeuersektoren müssen den Veränderungen entsprechend nachgestellt werden, soweit die Fahrrinne nicht durch Baggerungen stabil gehalten werden kann. Ende der 1950er Jahre war die Hubertplate soweit nach Norden vorgerückt, dass das Leitfeuer Westerems nicht mehr länger vom Kleinen Leuchtturm aus gezeigt werden konnte. Das Wasser- und Schifffahrtsamt Emden entfernte daher 1960/61 ein im Großen Leuchtturm 17 Meter unter dem Seefeuer betriebenes Quermarkenfeuer, vergrößerte die dortige Fensternische, später Blumenfenster genannt, und richtete an ihrer Stelle ein neues Leitfeuer für die Westerems ein (diese leuchtfeuertechnische Einrichtung steht heute im Heimatmuseum Borkum). Zusätzlich zum bisherigen Leitfeuer Hubertgat, das im Kleinen Leuchtturm verblieb, wurde für die Durchfahrt zwischen Hubertplate und Horsbornplate im Großen Leuchtturm vorübergehend ein neues Leitfeuer eingerichtet, das den Namen Hubertgat II erhielt. Die Verlegung des Westerems-Leitfeuers in den Großen Leuchtturm (Einrichtung des Blumenfensters 1961) war die erste einschneidende Einschränkung am Kleinen Leuchtturm; dieser zeigte nun nur noch das Leitfeuer für das Hubertgat. Das Leitfeuer Westerems im Großen Leuchtturm, zuletzt mit einem modernen Präzisionssektorfeuer ausgestattet, wurde 1982 endgültig gelöscht, weil die Ballonplate bzw. die Hubertplate die Lage des Fahrwassers weiter verändert hatte. Seit 1989 wird dort ein Quermarkenfeuer gezeigt. 1966 baute das Wasser- und Schifffahrtsamt Emden den Kleinen Leuchtturm zur Radarstation um und führte 1967 einen Radarprobebetrieb ein. Sie arbeitet heute als unbemannte Station des deutsch-niederländischen Verkehrssicherungssystems Ems und liefert über einen 70 Meter hohen Funkmast ein Radarbild der Emsansteuerung zur Verkehrszentrale Emden-Knock.

Man hatte zwischenzeitlich neue lichtstarke, leuchtfeuertechnische Systeme für Leitfeuer entwickelt, sogenannte Präzisionssektorenfeuer . Es besteht aus einer Art überdimensionalem Diaprojektor. An Stelle eines Dias werden senkrechte Hell-Dunkel-Übergänge die Grenzen des Festsektors im Unendlichen, d. h. im Bereich des Fahrwassers, scharf abgebildet. Das Licht der Warnsektoren wird durch drehende Kennungsräder, die den dunklen Teil des Dias bilden, getaktet. In den Umfang dieser Räder sind im Rhythmus der Kennung Aussparungen gefräst. Das Licht, das durch diese Aussparungen fällt, erzeugt die Blitze der Warnsektoren. Seit 1983 befindet sich im Kleinen Leuchtturm ein derartiges Feuer. Seine Xenon-Hochdrucklampe von 2000 Watt Leistung erzeugt eine Betriebslichtstärke von 4 500 000 Candela bei einem Gesamtöffnungswinkel des Leit- und der beiden Warnsektoren von nur drei Grad und einer Tragweite von 30 Seemeilen. Das neue Leitfeuer für das Hubertgat gehörte seitdem zu den lichtstärksten deutschen Leuchtfeuern. Durch die ständige Verlagerung der Sände hat sich derzeit vor Borkum eine Barre in das Ende des Hubertgat-Fahrwassers geschoben und an die Hubertplate angelagert. Das Fahrwasser wird daher aufgegeben und zum Schifffahrtsweg herabgestuft. Das Präzisionssektorenfeuer ist außer Dienst gestellt. Die technische Einrichtung wird nach dem Löschen des Feuers im Turm verbleiben. Die alte leuchtfeuertechnische Einrichtung von 1937 befindet sich seit einigen Jahren als Leihgabe im Seezeichenmuseum auf dem Museumsfeuerschiff Amrumbank im Emder Ratsdelft. Die Horsbornplate ist an die Hubertplate herangerückt und blockiert die freie Durchfahrt. Das Westerems-Fahrwasser oben links dreht sich im Gegen-Uhrzeigersinn. Es verläuft inzwischen parallel zum Hubertgat. Der Kurswechsel wird von Borkum aus mit der rot-weiß-grünen Quermarke aus dem Großen Leuchtturm markiert.